Aufbaufbremsen vs. Scheibenbremsen ergibt so leider garkeinen Sinn, das eine ist die Art wie eine Bremse ausgelöst wird (z.B. manuell oder Auflaufmechanismus) und das andere ist die Art wie die Bremse mechanisch arbeitet (z.B. Scheibe, Felge, Trommel..). Ich selbst habe eine Auflaufbremse mit Bremsscheiben bei mir verbaut.
In dem Sinne einmal meine persönliche Meinung und Erfahrung zu deinen zwei Fragen:
1. Felgenbremse vs. Scheibenbremse
Am Fahrrad erzielen Scheibenbremsen im Allgemeinen die bessere Bremsleistung. In immer mehr Fahrrädern werden diese inzwischen daher standardmäßig verbaut und ich selber möchte sie nichtmehr missen. Felgenbremsen hingegen sind günstiger herzustellen und daher insb. eher an günstigen Fahrrädern zu finden. Zwei Ausnahmen kommen wir dabei noch in den Kopf: Rennräder als auch BMX-Räder. Ich vermute, dass sich Felgenbremsen tendenziell leichter sind bzw. sein können, was für Rennräder sicherlich ein wichtiges kriterium ist. Gleichzeitig wird bei Felgenbremsen ja wirklich die Felge gebremst, sodass bei BMX-Rädern kein Flex nach Anzug der Bremse mehr vorhanden ist. Bei einer Scheibenbremse wird im Rad-Inneren gebremst und es existiert ein leichter Flex über die Speichen, das Rad-Äußere kann also noch wenige Grad vor- und zurück gedreht werden. Dieser Aspekt ist für uns aber völlig irrelevant.
2. Manuelle Bremse vs. Auflaufbremse
Dazu hatte ich hier schonmal etwas geschrieben. Kurz gesagt glaube ich, dass eine manuelle Bremse einfacher umzusetzen ist und sich insb. besser dosieren/einstellen lässt. Man kann einen dritten Bremsgriff am Fahrrad verbauen oder die Bremse z.B.mit der Hinterradbremse koppeln. Das schöne an einer Auflaufbremse ist hingegen, dass das Bremssystem wirklich unabhängig vom Zugfahrrad ist. Man braucht also nichts am Fahrrad verändern, keine Kabel oder Leitungen beim An/Ab-Koppeln des Anhänger verbinden bzw. trennen und könnte auch unkompliziert das Fahrrad wechseln (passende Anhängerkupplung vorausgesetzt).
Ich bin mit meiner Auflaufbremse so weit zufrieden, würde wegen der Dosierbarkeit aber bei einem Neubau evtl. eine Kopplung mit der Hinterradbremse ausprobieren. Ich kann mir vorstellen dass mir dies die genannten Nachteile wert wäre, wenn es sich gut dosieren lässt.
Nachtrag:
Ich meine natürlich nicht, das Felgenbremsen im Allgemeinen schlecht sind - bevor sich jemand auf den Schlips getreten fühlt ;-) Es gibt genauso sehr gute Felgenbremsen wie es echt schlechte Scheibenbremsen gibt. Ich spreche oben nur von der allgemeinen Tendenz ;-)
Für den Anhänger würde ich das Bremssystem (Scheibe, Felge, Trommel) wählen, welches sich im persönlichen Konzept leichter verbauen und umsetzen lässt.